Karena aktivitas politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta akan Indonesia yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, mendorongnya untuk memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan studi di universitas ternama di Amerika, meskipun ia memiliki prestasi yang baik di sekolah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Reisdensi kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, karena perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, sehingga ia menjadi bahan pengawasan oleh layanan intelijen.
Pendidikannya berlanjut di American School di London, di mana Prabowo berhasil menjadi kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai redaktur majalah sekolah. Pada waktu tersebut, Prabowo adalah satu-satunya murid Indonesia di sekolahnya.
